Александр Меркель родился в семье поволжских немцев в Казахстане. Его отец также был футболистом, играл за "Кайрат". Когда Александру было 6 лет, его семья уехала из Алматинской области на историческую родину в Германию, при этом, Меркель сохранил гражданство Казахстана.
В Германии пошёл в футбольную школу. Через несколько лет он стал играть за детскую команду "Штутгарта", затем получил вызов в сборную Германии для игроков не старше 15 лет. Далее, в своей карьере Александр Меркель выступал за целый ряд клубов: "Милан", "Дженоа", "Удинезе", "Уотфорд", "Грассхоппер", "Пизу", "Бохум", "Адмиру", "Хераклес", "Аль-Фейсали" и "Газиантеп".
Александр Меркель провёл три матча за Национальную сборную Казахстана. В ноябре 2015-го он помог сыграть вничью с Исландией (0:0). Весной 2019-го полузащитник поучаствовал в победе над Шотландией (3:0), отметившись голевой передачей, а также сыграл в матче с Россией (0:4).