Футболист дебютировал во втором туре отбора на ЧМ-2026 против Лихтенштейна (2:0).

"Да особо ударов не было – всего лишь два. В основном, игра ногами. Хороший опыт для дебюта. Почему – дебют, ведь я играл уже за сборную Казахстана в 2021 году? Но то был товарищеский матч", – рассказал Сейсен сайту Legalbet.kz.

26-летний Сейсен провёл за сборную Казахстана 90 минут в ночь с 25 на 26 марта.

В 2021 году вратарь отыграл один тайм за национальную команду в товарищеском матче с Северной Македонией (0:4).

9 июня 2025 года Казахстан сыграет с Северной Македонией в третьем туре матча отбора на ЧМ.